Pemerintahan Desa Jurangagung saat ini dipimpin oleh Kepala Desa Khusni, yang mulai menjabat sejak tahun 2023. Dalam menjalankan roda pemerintahan, Khusni didukung oleh jajaran perangkat desa yang terdiri dari beberapa Kepala Urusan (Kaur) dan Kepala Seksi (Kasie). Desa Jurangagung juga terbagi dalam empat dusun yang masing-masing dipimpin oleh Kepala Dusun (Kadus). Pada struktur berikut, secara berturut-turut dari kiri merupakan Kadus Ngesrep, Kadus Jurangmangu, Kadus Branti, dan Kadus Seneng.